1. 가격 및 신뢰성
상대적으로 하드 디스크와 용량 대비 가격을 비교하면 여전히 비싸다. 하지만 SSD 시장이 급성장하고 TLC, QLC, 3D 스택 등 집적 기술 발전으로 용량 대비 단가가 빠르게 떨어지고 있다. 그러나 HDD도 기술 발전으로 용량 대비 단가가 떨어지고 있으니 단시간에 HDD의 용량 대비 가격을 넘는다고 보긴 어렵다. 그나마 장기적으로 보면 HDD 보다는 SSD 쪽이 성능 상 발전할 여력이 많이 남아 언젠가 단가 역전이 일어날 가능성이 있지만, SSD 수요가 폭발적으로 증가해 어느 정도 상용화 된 현재도 용량 대비 가격은 HDD 쪽이 훨씬 우위에 있다.
사용 시간이 길수록 신뢰성이 떨어진다. 저가 대용량 제품일수록 대용량 데이터 쓰기 작업 시 성능이 떨어진다. MLC는 SLC 보다 쓰기 속도가 떨어지지만, 쓰기 작업 시에만 일시적으로 SLC로 동작시키는 쓰기 캐시 등의 기술 발전으로 DLC(2비트 MLC)는 실성능 저하가 거의 없고 TLC부터 쓰기 캐시를 넘어서는 대용량 쓰기 작업을 중점으로 본래 성능이 드러나고 있다.
2. 발열
2.5인치 SATA 규격의 SSD를 주로 사용한 2015년 이전에는 하드 디스크에 비해서 확실히 소비 전력과 발열이 적었다. 다만 시간이 흐르면서 보급되고 있는 mSATA와 M.2 규격의 SSD는 고성능인 반면 표면적은 작아 방열에 불리해 발열 문제가 대두되었다. 특히 인터페이스 특성상 SATA보다 NVMe 방식의 SSD가 성능이 더 좋은 만큼 발열도 심하며, 심하면 컨트롤러가 스로틀링을 걸 정도로 열을 받을 수도 있다. 그래서 반복 벤치마크 테스트를 하면 성능이 최대치에 비해 떨어진다. 물론 벤치마크 테스트는 극단적인 시나리오지만, 데이터 순차 접근을 반복하는 영상 편집 등의 작업을 할 때는 충분히 스로틀링에 부딪힐 수 있다. SSD 회사들은 이 문제를 해결하기 위하여 방열판을 달기도 하고, 최저 순차 접근 성능을 표기하기도 하며, 고부하 환경에서 굴려지는 기업용 모델은 아예 냉각팬을 달기도 한다.
요즘은 이를 고려해서 메인보드에 하급 라인만 아니면 대부분 M.2용 방열판을 기본적으로 끼우며, 심지어 작은 전용 냉각팬까지 달아주는 경우도 있다.
3. 데이터 파손 위험
정전기나 컨트롤러 오류로 인한 데이터 손실 시 SSD는 복구가 거의 불가능하다. 가격 문제와 함께 백업용 스토리지로써 기피되는 이유이며, 근본적으로 이 문제를 해결할 수 없기 때문에 SSD에 백업한 데이터는 별도로 HDD나 자기테이프 등 추가 사본을 가질 필요가 있다.
여전히 장기 보관용으로는 기피되고 있으며, 이 이유는 방치 시 데이터 손실이 생각보다 빠르게 발생하기 때문이다. 제품이나 보관 환경에 따라 다르기는 하지만 별다른 관리 없이 방치했을 때, HDD는 3 ~ 5년, 광디스크는 5 ~ 10년, 테이프는 10 ~ 30년 정도 데이터가 유지되는 반면, SSD는 1 ~ 3년 안에 데이터 손실이 발생하기 시작한다. 때문에 SSD는 가끔씩이라도 접근 작업이 필요한 소위 웜 데이터를 보관하거나 핫 데이터를 캐시 하는 용도로 사용한다.
4. 데이터 소실 가능성
이는 모든 플래시 메모리의 특징이고, SSD도 마찬가지로 1 ~ 3년 이상 전력이 공급되지 않으며 데이터가 유실될 가능성이 매우 크다. 그나마도 이건 30도 안쪽의 실온 상황에서의 기준이고, 30도를 넘어서는 환경이면 몇 개월 수준인 큰 폭으로 짧아진다. 심지어 섭씨 50도 이상의 고온 환경이면 데이터 소실 위험이 주단위로 단축되기도 한다. 물론 그런 극단적인 온도의 환경에서 쓸 일은 거의 없고, 일상적으로 컴퓨터를 사용한다면 보통 문제는 없다. 그러나 해외나 타지 장기간 출타 등으로 PC를 사용할 수 없는 기간이 길다면 결국 신경이 쓰이지 않을 수 없는 문제고, 이는 무전원이라도 상대적으로 장기간 데이터 보관이 가능한 HDD 대비 SSD가 갖는 치명적인 단점인 것은 분명하다. 이로 인해 데이터를 장기 보관하기 위해서는 SSD 보다는 블루레이, DVD 혹은 HDD에 저장하는 것이 바람직하다.
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